GTs encerrados
- Direitos Autorais (Intercameral/Sub-GT extinto na 393ª reunião ordinária da 4ª CCR)
- Acompanhamento Legislativo
- Flora
- Força-tarefa de desmatamento na Amazônia
- Ordenamento Urbano
- Poluição por Resíduos Sólidos e Esgoto
- Resgate de Bens Paleontológicos Identificados no Exterior (subGT do Grupo de Trabalho Patrimônio Cultural, que ainda está em atividade)
- Zona Costeira (reativado: https://www.mpf.mp.br/atuacao-tematica/ccr4/coordenacao/grupos-de-trabalho/zona-costeira)
- Fauna (extinto pela portaria n° 15/2014)
- Águas (extinto pela portaria n° 15/2014)
- Agrotóxicos e Transgênicos (extinto pela portaria n° 15/2014)
- Pesca (extinto pela portaria nº 01/2013)
- Mineroduto (extinto pelo despacho nº 156/2018)
- Área de Preservação Permanente (extinto pela portaria nº 17/2020)
- Bioma Cerrado (extinto pela portaria nº 17/2020)
- Bioma Marinho Costeiro (extinto pela portaria nº 17/2020)
- Energia Nuclear e Materiais Radioativos (extinto pela portaria nº 17/2020)
- Espécies em Extinção e Biodiversidade (extinto pela portaria nº 17/2020)
- Intervenção Rápida contra Superdesmatamento na Amazônia (extinto pela portaria nº 17/2020)
- Mineração (extinto pela portaria nº 17/2020)
- Pantanal (extinto pela portaria nº 17/2020)
- Revitalização da Bacia do Rio São Francisco (extinto pela portaria nº 17/2020)
- Semiárido Brasileiro (extinto pela portaria nº 17/2020)
- Utilidade, Eficiência e Projetos (extinto pela portaria nº 17/2020)
- Valoração de Danos Ambientais e ao Patrimônio Cultural (extinto pela portaria nº 17/2020)
- Grandes Empreendimentos (extinto pela portaria nº 02/2021)
- Segurança em Barragens (extinto pela portaria 08/2021)
- Patrimônio Cultural(extinto pela portaria nº 04/2022)
- Meio Ambiente, Sociedade e Governança (extinto pela Decisão n.º: 30/2023/4ª CCR)
- Zoneamento Ecológico-Econômico do Estado de Santa Catarina (ZEE-SC) (extinto pela portaria nº 56/2024)
- Corredor Ecológico da Bacia do Araguaia-Tocantins (extinto pela portaria nº 56/2024)
- Mata Atlântica (extinto pela portaria nº 56/2024)
- Cana-de-açúcar (extinto pela portaria nº 56/2024)